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Das ist ein wärmeunempfindlicher (thermostabiler) Giftstoff (Toxin) an der Zellwand von Bakterien, der erst bei Zellauflösung frei wird. Er aktiviert u.a. das Immunsystem (einschließlich Komplementsystem) und kann Fieber und entzündliche Gefäßveränderungen verursachen. Neueren Forschungen zufolge bewirkt der frühe Kontakt mit Endotoxinen (zum Beispiel bei Kindern auf Bauernhöfen) eine Immunreaktion vom Typ I, die vor einer Sensibilisierung gegenüber Allergenen schützen kann (so genannter Bauernhofeffekt).