Mit der Endoskopie lassen sich Körperhöhlen und Hohlorgane betrachten. Dazu wird das so genannte 
Endoskop
in eine künstlich (durch einen kleinen Schnitt) geschaffene oder natürlich vorhandene Körperöffnung eingeführt und der zu untersuchende Bereich gespiegelt. Endoskopisch einsehbar sind in der Pneumologie
Brustraum (Thorakoskopie), vorderes Mediastinum (Mediastinoskopie) und die großen Atemwege bis zu den Segment- und Subsegment-Bronchien (Bronchoskopie). Dabei kann die Bronchoskopie unter lokaler Betäubung oder Vollnarkose oder aber (über den Beatmungsschlauch) auch am beatmeten Patienten auf der Intensivstation durchgeführt werden. Bei den meisten endoskopischen Untersuchungen mit lokaler Betäubung wird dem untersuchten Patienten vorher zusätzlich ein Beruhigungsmittel gespritzt.
Die Endoskopie wird zum Teil auch mit anderen medizinischen Methoden kombiniert, wie zum Beispiel mit operativen Eingriffen zur Gewebsentnahme (Biopsie) oder zur Entfernung von Gewebe durch Herausschneiden (Ektomie), oder aber mit einer Röntgenuntersuchung (zum Beispiel zur Darstellung von Gefäßen in Lunge oder Herz, so genannte endoskopische Angiografie). Eine über natürliche Körperöffnungen durchgeführte endoskopische Untersuchung ist nicht wirklich schmerzhaft, wird jedoch meist als etwas unangenehm empfunden.
Das Risiko einer Endoskopie liegt darin, dass durch die endoskopische Untersuchung Gewebe gereizt oder geschädigt wird. So ist nach einer Endoskopie das Auftreten einer schwachen und in den meisten Fällen ungefährlichen Blutung möglich. Meist kann der Arzt sie bereits mit Hilfe des Endoskops (also noch während des Eingriffes) wieder stillen. Im schlimmsten Fall muss eine Notoperation durchgeführt werden. Des Weiteren können durch die endoskopische Untersuchung - auch bei absolut steriler Arbeitsweise - Keime in den Körper gelangen. Um Infektionen zu vermeiden, werden daher in manchen Fällen vorsorglich Antibiotika verordnet. Das Risiko einer Endoskopie ist insgesamt jedoch verhältnismäßig gering, da sie zu den diagnostischen Standarduntersuchungen und somit zu den routiniert durchgeführten Untersuchungen zählt. Je erfahrener der diagnostizierende Arzt im Umgang mit dem Endoskop ist, desto geringer ist die Gefahr einer Verletzung. Vorteil der Methode ist, dass sie sehr genaue Untersuchungsergebnisse liefert und oftmals aufwändigere Eingriffe ersetzen kann.
Die Endoskopie kann für ganz unterschiedliche Diagnosestellungen in den verschiedenen medizinischen Fachrichtungen eingesetzt werden. In der Pneumologie (Lungenheilkunde) sind drei Anwendungen besonders wichtig: Bronchoskopie, Thorakoskopie und Mediastinoskopie.
