Falls es mit den vorgenannten diagnostischen Methoden nicht einwandfrei möglich sein sollte, eine Allergie festzustellen oder auszuschließen, steht der so genannte Provokationstest zur Verfügung. Beim Provokationstest wird das 
verdächtige Allergen
(zum Beispiel eine bestimmte Pollenart) direkt auf die Schleimhaut des Patienten aufgebracht. Dies kann durch direktes Auftragen auf die Nasenschleimhaut oder Bindehaut der Augen geschehen oder durch Inhalation (Provokation der Bronchialschleimhaut). Die inhalative Provokation (das Einatmen eines bestimmten Allergens oder aber einer Substanz wie Histamin oder Carbachol) führt bei Patienten mit überschießend reagierendem (hyperreagiblem Bronchialsystem (wie z.B. bei Asthma ) zu einer Verengung der Bronchien vor allem bei der Ausatmung. Dies kann dann in der Lungenfunktionsmessung nachgewiesenen werden. Bei Nahrungsmittel- oder Medikamentenallergie wird das Allergen zur Provokation des Magen-Darm-Traktes oral (über den Mund) eingenommen. In einigen hochspezialisierten Zentren wird in Einzelfällen auch während einer Darmspiegelung eine Allergenprovokation durchgeführt. Wenn das verabreichte Allergen eine überschießende, allergische Reaktion auslöst (provoziert), ist das ein guter Hinweis (wenn auch noch kein Beweis), dass es sich um das gesuchte Allergen handelt.
Wichtig ist, dass ein positiver Allergentest nicht gleichzusetzen ist mit dem Vorliegen einer Erkrankung. In wie weit ein positives Testergebnis von Bedeutung ist, kann der Arzt nur in der Zusammenschau mit dem Krankheits- und Beschwerdebild des Patienten beurteilen.
